Денис, привет.
Классно, что делаешь такой отличныый модуль в стандарте ТТрак, однако при стыковке даже классического ТТрака нужно, чтобы плоскость модулей совпадала, а также совпадал УГР рельсовых плетей на соседних модулях. В твоём варианте это правило нарушено и для стыковки надо поднять рельсы ещё на 3мм.
"Утопить" рельсы в грунт можно с помощью того же пенокартона по всей поверхности для поднятия всего уровня, а можно этого и не делать вообще, ведь в природе "ровный стол" не встречается - сделать такую подложку только вокруг путей и станционных строений, то есть где эта площадь действительно бульдозерами ровнялась.