Сереж, у продавца для возврата НДС должен быть договор с eBay на это (для расчета комиссии), и многие его имеют (это о коммерсантах, не частниках).
Возврат возможен, не в полной сумме - но возможен. Есть продавцы, которые это делают без напоминания (указывая на это в итоговом счете), а есть те кто дополнительно зарабатывают на этом и тихо помалкивают.