тонировал рельсы я после того, как балласт уже был закреплен.
То есть сначала красим рельсы, а потом уже шпалы и щебенку?
Лично я делал так: выкладывал рельсы по разработанной схеме, крепил рельсы к подмакетнику двухсторонним скотчем, укладывал балласт, проливал балласт (используя 20 мл. шприц без иглы) ПВА разбавленный водой с добавлением нескольких капель спирта и моющего средства типа Ferry, чтобы раствор "разбегался" по балластной крошке, а не собирался в каплю. После того, как балласт просохнет, можно приступать к "загаживанию" рельс.
После прокраски рельс, разбавлял (на глазок) водой Тамию + немного коричневой Гуаши и этим составом промазывал кисточкой балласт в пределах балластной решетки и немного, примерно на пару миллиметров захватывал балласт по концам шпал.