Миша, наверное, я недостаточно понятно выразил свою мысль:
1) Можно запитать Ардуино Уно от 12В (рекомендуемое питание 7В-12В, пиковое до 20В по спецификации) и ему от этого ничего не будет, пока основная нагрузка будет запитана НЕ через плату Ардуино (не через его +5V пин). Сам контроллер потребляет десятки милиампер, так что регулятор справится и с 12В на входе Vin. Это подходит для прототипирования и если в финальной версии токи будут действительно небольшие. Зачем ставить ещё один регулятор для контроллера, если он на плате и так уже есть?
2) Если планируется питать нагрузку прямо через Arduino, то есть используя его 5В регулятор, то лучше, конечно, использовать для этого напряжение поближе к 7В на Vin, иначе, как ты правильно заметил, "Можно спалить". Или совсем отказаться от регулятора на плате и не греть его и подавать стабилизированное питание 5В на +5V пин. В последнем варианте тоже реализуется схема с внешним питанием, но уже не 12В напругой, как было в пункте 1), а 5В.